Η υλοποίηση των έργων της Πρωτοβουλίας για την Υγεία διενεργείται μέσω αυτοτελούς νομικού προσώπου ειδικού σκοπού (εφεξής ο «Φορέας Υλοποίησης»), ο οποίος συστήθηκε με τον Ν.4564/2018 για τον σκοπό αυτό. Το Ίδρυμα Σταύρος Νιάρχος (ΙΣΝ) χρηματοδοτεί τον Φορέα Υλοποίησης στον βαθμό που απαιτείται για την υλοποίηση των έργων σύμφωνα με τις υψηλότερες επαγγελματικές, μελετητικές, κατασκευαστικές και λειτουργικές προδιαγραφές, με βάση τους όρους της κύριας Σύμβασης Δωρεάς και των Επιμέρους Συμβάσεων, οι οποίες έχουν κυρωθεί με νόμο. Η ευθύνη του ΙΣΝ περιορίζεται στη διάθεση των αναγκαίων πόρων για την υλοποίηση των έργων, ενώ την υλοποίηση αυτών αναλαμβάνει αποκλειστικά ο Φορέας Υλοποίησης, με τη συνεργασία του Ελληνικού Δημοσίου, όπου αυτή απαιτείται.
Ο Φορέας Υλοποίησης είναι εταιρεία ειδικού σκοπού, μη κερδοσκοπικού χαρακτήρα, με την επωνυμία «Πρωτοβουλία για την Υγεία M.Α.Ε.». Διοικείται από αυτοτελές Δ.Σ. τα μέλη του οποίου ορίζονται από το Ίδρυμα.
Μετά την Πιστοποίηση Ολοκλήρωσης και παράδοση των έργων, κάθε ένα από αυτά θα περιέλθει στην κυριότητα και ευθύνη του Ελληνικού Δημοσίου μέσω των αρμόδιων φορέων του, οι οποίοι ως μόνοι ιδιοκτήτες του, θα έχουν τον έλεγχο της διαχείρισης, λειτουργίας, συντήρησης και πλήρους αξιοποίησής του.